только для медицинских специалистов

Консультант врача

Электронная медицинская библиотека

Раздел 4 / 12
Страница 4 / 4

ВВЕДЕНИЕ

Внимание! Часть функций, например, копирование текста к себе в конспект, озвучивание и т.д. могут быть доступны только в режиме постраничного просмотра.Режим постраничного просмотра
 
 

Детальный обзор интегрированной среды разработки RStudio выходит за рамки настоящих методических рекомендаций и должен рассматриваться на практических занятиях по статистическому анализу данных на языке программирования RОбзор системы RStudio представлен на сайте: https://docs.posit.co/ide/user..

Практическая часть применения статистических методов анализа данных построена на открытых источниках данных, присутствующих в пакете MASSПроцесс установки пакетов в языке программирования R и IDE RStudio: https://search.r-project.org/R/refmans/utils/html/install.packages.html. языка R, и на открытом наборе данных, содержащем исследования метрик диагностической точности 100 врачейОткрытый набор данных, доступный на сайте Московского эксперимента: https://www.telemed.ai.. Перечень основных наборов данных, содержащихся в пакете MASS:

  1. Aids2Venables W. N., Ripley B. D. Modern Applied Statistics with S. 4th edition. Springer, 2002. – набор данных, содержащий обезличенную информацию о пациентах, у которых диагностирован СПИД в Австралии до 1 июля 1991 г.
  2. CushingsAitchison J., Dunsmore I. R. Statistical Prediction Analysis. Cambridge University Press, 1975. Tables 11.1–3. – набор данных, содержащий наблюдаемые показатели экскреции с мочой двух стероидных метаболитов у пациентов с подтвержденным диагнозом синдрома Кушинга (гипертензивное заболевание, связанное с избыточной секрецией кортизола надпочечниками).
  3. GAGurineVenables W., Ripley B. D. S programming. Springer Science & Business Media, 2000. – набор данных, содержащий значения концентрации гликозаминогликанов (GAG) в моче у детей в возрасте от 0 до 17 лет.
  4. MelanomaAndersen Per K., Borgan Ø., Gill R. D., et al. Statistical models based on counting processes. Springer Science & Business Media, 2012. – набор данных, содержащий обезличенные данные 205 пациентов в Дании с подтвержденным диагнозом злокачественной меланомы.
  5. Pima.teSmith J. W., Everhart J. E., Dickson, W. C., et al. Using the ADAP learning algorithm to forecast the onset of diabetes mellitus. In Proceedings of the Symposium on Computer Applications in Medical Care / ed. R. A. Greenes. Washington, 1988. P. 261–265. – набор данных, содержащий информацию о популяции женщин в возрасте не менее 21 года, принадлежащих к индейскому племени пима и проживающих в окрестностях Феникса (штат Аризона), которые были обследованы на наличие диабета в соответствии с критериями Всемирной организации здравоохранения. Сбор данных осуществлялся Национальным институтом диабета и болезней органов пищеварения и почек США. Содержит 532 полные записи после исключения (в основном отсутствующих) данных об инсулине в сыворотке крови. Обучающий набор Pima.tr содержит случайно выбранный набор данных 200 испытуемых, а Pima.te – оставшихся 332 испытуемых. Pima.tr2 содержит Pima.tr плюс 100 испытуемых с отсутствующими значениями объясняющих переменных.
  6. anorexiaHand D. J., Daly F., McConway K., et al. A Handbook of Small Data Sets. Chapman & Hall, 1993. P. 229. Data set 285. – набор данных, содержащий обезличенную информацию об изменении веса молодых женщин, страдающих анорексией.
  7. bacteriaMenzies School of Health Research 1999–2000. Annual Report. P. 20. URL: https://www.menzies.edu.au/icms_docs/172302_2000_Annual_report.pdf. – набор данных, содержащий тесты на наличие бактерии H. influenzae у детей со средним отитом на северной территории Австралии.
  8. biopsyMurphy P. M., Aha D. W. UCI Repository of machine learning databases. [Machine-readable data repository]. Irvine, CA: University of California; Department of Information and Computer Science, 1992. – набор данных о раке молочной железы, полученный из госпиталей Висконсинского университета в Мэдисоне от доктора Уильяма Х. Вольберга. Он оценивал биопсии опухолей молочной железы 699 пациенток до 15 июля 1992 г. Каждый из девяти признаков оценивался по шкале от 1 до 10, известен также исход заболевания; имеются 699 строк и 11 столбцов. 
  9. birtwtHosmer D. W., Lemeshow S. Applied Logistic Regression. New York: Wiley, 1989. – набор данных, содержащий факторы риска, связанные с низкой массой тела младенца при рождении. Данные были собраны в Медицинском центре Baystate, Спрингфилд, штат Массачусетс, в течение 1986 года.
  10. epilThall P. F., Vail S. C. Some covariance models for longitudinal count data with over-dispersion // Biometrics. 1990. Vol. 46, №3. Р. 657–671. – набор данных о количестве двухнедельных приступов у 59 эпилептиков. Количество приступов регистрировалось в течение базового периода в 8 недель, после чего пациенты были рандомизированы в группу лечения или контрольную группу. Затем подсчеты проводились в течение четырех последовательных двухнедельных периодов. Возраст пациента является единственной ковариатой.
  11. gehanCox D. R., Oakes D. Analysis of Survival Data. Chapman & Hall, 1984. P. 7. Taken from: Gehan E.A. A generalized Wilcoxon test for comparing arbitrarily single-censored samples // Biometrika. 1965. №52. Р. 203–233. – набор данных, содержащий исследования 42 больных лейкемией. Часть из них получала лечение препаратом 6-меркаптопурин, остальные – контрольная группа. Испытание было организовано в виде подобранных пар, обе из которых были выведены из исследования при выходе из ремиссии.
  12. muscleLinder A., Chakravarti I. M., Vuagnat P. Fitting asymptotic regression curves with different asymptotes. In Contributions to Statistics. Presented to Professor P. C. Mahalanobis on the occasion of his 70th birthday / ed. C. R. Rao. Oxford: Pergamon Press, 1964. P. 221–228. – набор данных, содержащий результаты исследования по влиянию концентрации хлорида кальция на сокращение мышц сердца крыс.
  13. IndomethKwan К. С., Breault G. O., Umbenhauer E. R., et al. Kinetics of Indomethacin absorption, elimination, and enterohepatic circulation in man // Journal of Pharmacokinetics and Biopharmaceutics. 1976. № 4. Р. 255–280. – набор данных, содержащий фармакокинетику индометацина.
  14. TheophBoeckmann A. J., Sheiner L. B., Beal S. L. Nonmem Users Guide. Part V. Nonmem Project Group; University of California, San Francisco, 1994. – набор данных, содержащий фармакокинетику теофиллина.
  15. lhDiggle P. J. Time Series: A Biostatistical Introduction. Oxford, 1990. Table A.1, series 3. – набор данных, содержащий временной ряд изменения концентрации лютеинизирующего гормона в образцах крови.
  16. womenThe World Almanac and Book of Facts, 1975. – набор данных, содержащий средний рост и вес женщин в Америке в возрасте от 30 до 39 лет.

Весь процесс статистического анализа данных можно представить в виде алгоритма, изображенного на рисунке 2.

Рисунок 2 – Алгоритм проведения статистического анализа количественных и смешанных данных

Каждый из представленных в алгоритме тестов или методов рассматривается в данных методических рекомендациях. Стоит отметить, что перечень представленных методов не является исчерпывающим, и читатель может самостоятельно расширять и дополнять описанные методы.

Авторы методических рекомендаций выражают благодарность М. Р. Коденко и Р. В. Решетникову за ценные советы, данные при подготовке рукописи.