3. ЭТАП ФОРMИРОBАНИЯ

3.1. С6ор данных

Настоящий раздел посвящен сбору данных. С процессом выгрузки медицинских исследований в формате DICOM-файлов по уникальным идентификаторам можно ознакомиться в учебном пособии Ю. А. Васильева, К. М. Арзамасова, А. В. Владзимирского и др. «Подготовка набора данных для обучения и тестирования программного обеспечения на основе технологии искусственного интеллекта» [3]. Приступим к сбору дополнительных клинических признаков. Источником клинических данных в ретроспективных исследованиях является электронная медицинская карта (ЭМК) пациентов. В ЭМК содержится клиническая информация, записанная врачом, например анамнез жизни и заболевания, жалобы и результаты осмотра на приеме, данные лабораторных и инструментальных методов диагностики, а также выписки из стационаров. Эту информацию разметчик должен уметь обработать и структурировать, чтобы включить ее в набор данных. Таким образом, поток информации от пациента до набора данных можно представить в виде схемы (рисунок 5).

Рисунок 5 – Схема передачи информации от пациента до набора данных

Перед началом ра6оты с 3MК

По итогам анализа литературы таблицу разметки в Excel надо дополнить столбцами с названием медицинских параметров, которыми будет обогащен НД (таблица 4).

Таблица 4 – Пример таблицы разметки, дополненной столбцами с названиями медицинских параметров

При наличии возможности автоматизации процессов сбора данных (например, в случае лабораторных или инструментальных исследований, когда информация максимально структурирована) разметчик может использовать алгоритмы автоматизации (например, обработки естественного языка). В остальных случаях сбор данных производится вручную.

Pабота с ЭMК

Сбор клинической информации может быть осуществлен из ЭМК с помощью различных МИС. В настоящих методических рекомендациях будет рассмотрена работа с ЕМИАС, сбор данных – вручную.

Шаг 1. Поиск ЭМК пациента в МИС

В ЕМИАС поиск ЭМК пациента осуществляется по номеру полиса или Ф. И. О. и дате рождения (варианты поиска выделены красным прямоугольником на рисунке 6).

Рисунок 6 – Страница поиска ЭМК пациента

Шаг 2. Поиск клинической информации в ЭМК

В ЭМК пациента общие данные, такие как пол и возраст, можно найти в верхней части экрана (рисунок 7). В разделе «Осмотры» содержится история визитов пациента к врачам амбулаторно-поликлинического звена и выписки из стационаров, в разделе «Лабораторные исследования» – результаты проведенных лабораторных анализов. Вся информация упорядочена по датам.

Рисунок 7 – Пример отображения ЭМК пациента: красным овалом обведены пол и возраст, красными прямоугольниками выделены разделы «Осмотры» и «Лабораторные исследования»

В зависимости от цели и задач исследования могут потребоваться данные, привязанные к моменту проведения лучевого исследования (например, симптомы, вес и т. д.). Для поиска такой клинической информации нужно перейти в соответствующий раздел: «Осмотры» или «Лабораторная диагностика» и найти ближайшую к дате проведения исследования запись врача. Например, нужно собрать информацию об индексе массы тела (ИМТ) пациента в момент проведения исследования. Для этого в разделе «Осмотры» нужно найти ближайшую (в рамках установленного в ТЗ допустимого временного интервала) к дате проведения исследования запись участкового терапевта, найти в ней ИМТ пациента и внести полученную информацию в таблицу разметки.

Таким образом, поочередно находя ЭМК пациентов в МИС и извлекая нужную клиническую информацию, разметчик заполняет таблицу. Результат этапа сбора данных – таблица разметки, дополненная клиническими признаками (таблица 5).

Таблица 5 – Пример таблицы разметки, дополненной клиническими признаками

В таблице 6 представлены основные проблемы, с которыми может столкнуться разметчик при сборе данных.