В соответствии с диагностическим руководством к МКБ-10 при наличии сопутствующих аутизму других психических расстройств «клиницистам рекомендуется следовать общему правилу кодирования стольких диагнозов, сколько необходимо для того, чтобы отразить клиническую картину». Аутизм, при этом, в большинстве случаев будет основным диагнозом, а другие диагнозы - вспомогательными или дополнительными.
Для лиц с РАС характерна мультиморбидность: нарушения сна, эпилепсия, расстройства питания, нарушения в области желудочно-кишечного тракта, нутритивного статуса, аллергические заболевания, болевой синдром. Из-за нарушений коммуникации нередко сопутствующие соматические расстройства оказываются не диагностированными и могут приводить к нарушениям поведения и настроения, раздражительности.
Среди людей с РАС значительно чаще наблюдается эпилептиформная активность, что, в том числе, может реализовываться в эпилепсию.