При нарушении синтеза желчных кислот появление первых признаков болезни отмечается в периоде новорожденности, реже в течение первых месяцев жизни. Отмечается желтуха, гепатомегалия, темный цвет мочи, непостоянная ахолия стула. Характерна диссоциация между низким уровнем ГГТ и холестерина сыворотки крови и повышением других маркеров холестаза, значительное повышение АЛТ и АСТ. Характерно нарушение белок-синтетической функции печени (снижение альбумина, ХЭ, фибриногена, ПТИ, повышение МНО и других показателей). При морфологическом исследовании биоптата печени отмечаются признаки преимущественно внутрипеченочного холестаза, гигантоклеточная трансформация гепатоцитов и дезорганизация печеночных долек. Характерно также отставание детей в физическом развитии и состояния, связанные с дефицитом жирорастворимых витаминов. Возможно развитие геморрагического синдрома.