Кроме классических энцефалопатий существует достаточно большое количество тяжелых эпилепсий раннего детства, не укладывающихся клинически и/или энцефалографически в жесткие рамки выше указанных синдромов. Многие из них начинаются в первые полтора года жизни ребенка и являются генетически детерминированными моногенными заболеваниями (см. раздел Генетика эпилепсии). Эта группа носила название «ранних эпилептических энцефалопатий». Термин «Ранняя эпилептическая энцефалопатия» (сокр. англ. EIEE) заимствован из OMIM [101]. На начало 2021 года OMIM насчитывает 88 моногенных ранних эпилептических энцефалопатий. Номер соответствует порядку описания: EIEE1Х-сцепленный синдром Веста, обусловленный мутацией в гене ARX, был описан первым. Например, EIEE6 — синдром Драве, обусловленный мутацией в гене SCN1A. В настоящий момент термин «Ранняя эпилептическая энцефалопатия» (сокр. англ. EIEE) заменен на «Энцефалопатия развития и эпилептическая» (сокр. англ. DEE).
Гены, отвечающие за развитие генетических эпилептических энцефалопатий, регулируют ионные каналы (SCN2A, SCN8A, KCNQ2, KCNT1, KCNA2), синаптические белки (STXBP1), экспрессию генов (CDKL5), изменения белка и его считывание (PIGA), стабилизацию мембран/внутриклеточные реакции (SPTAN1) [102]. Большинство мутаций в генах, вызывающих эпилептические энцефалопатии, являются мутациями «de novo». В то же время может встречаться соматический мозаицизм (в 8,5% всех эпилептических энцефалопатий) и аутосомно-рецессивный тип наследования. Для энцефалопатий развития и эпилептических энцефалопатий характерен клинический полиморфизм: мутации в одном гене могут вызывать разные фенотипы (мутации в гене KCNT1 могут вызывать как злокачественную эпилепсию детства с мигрирующими парциальными судорогами, так и аутосомно-доминантную гипермоторную эпилепсию сна), а также полиморфизм генетический: один и тот же эпилептический синдром может быть обусловлен изменениями в разных генах.
Для генетически детерминированных эпилептических энцефалопатий характерно раннее начало эпилептических приступов (в первые 1,5 года жизни), задержка развития (иногда с чертами аутизма) до начала приступов или после их возникновения, возможен регресс психоречевых и моторных навыков или «плато» развития (новые навыки не приобретаются), сочетание эпилепсии и двигательных нарушений (дистония, дискинезии), сочетание эпилепсии и расстройств аутистического спектра, отсутствие явной причины выявленных нарушений (инфекции, гипоксически-ишемической энцефалопатии, травмы) и грубого отягощения перинатального анамнеза.